Yerleşme 1993 yılından bu yana Stanford Üniversitesi’nden arkeolog Ian Hodder tarafından sürdürülen kazı çalışmaları yerleşik köylerden kentsel yığılmalara neden olan tüm süreci daha iyi anlamamıza yardımcı olmaktadır. Araştırmacılar, Dolikosefal ve brakisefal karışık öncü Akdeniz ( Proto-Medeterenian) ırkından insanların yaşadığı Çatalhöyük’ün bir bölgeye yerleşen küçük ve yerel topluluklardan oluştuğuna ve yerleşim yerini kasabaya dönüştürdüklerine inanırlar. Yerleşmenin gelişmeye başladığı ilk safhalarda Çatalhöyük her açıdan genişlemiştir. Tek katlı ve düz damlı konutlar, taş temelsiz, zaman zaman Ahşap dikme ve kiriş destekli kerpiç duvarlarla birbirine bitişik olarak inşa olunmuştur. Bölge halkı yoğun bir şekilde kümelenmiş kerpiç evlerde yaşamışlardır. Mekanların dışa bakan yüzleri, aralarında hiç bir boşluk, açıklık olmaksızın kör bırakılarak bir tür ilkel savunma sistemi gerçekleştirilmiş, mahalleler oluşturacak biçimde kümelenmiş ve aralarında sokak bulunmayan bu konutların ortasında ise büyük avlulara yer verilmiştir. İnsanlar bu yerleşimde dam seviyesinde dolaşmakta ve evlerine damdaki küçük delikten merdivenle girmekte idiler. Nüfusun yaklaşık 3500 ila 8000 arasında olduğu tahmin edilmektedir. İçindeki eşyalara göre kimileri küçük tapınak ya da kültsel mekan olarak nitelenen bu yapıların iç düzenlemeleri aynıdır. İçinde bölme duvarları olmayan her yapı 25 m2 kadar genişliğindeki dikdörtgen bir ana oda ile dar bir ya da birkaç odadan oluşur. Odaların içinde ocak ve fırınlardan başka, duvar önlerinde kerpiçten sekiler vardır. Oturma ve yatmada kullanılan bu sekilerin altında ölen aile bireyleri de gömülüyordu. Duvar ve tabanların beyaz ve bazen de kırmızı kille sıvandığı bu yapılar da ahşap kısımlara kırmızı aşı boyası sürülerek mekan içlerine renkli bir görünüm kazandırılmaya gayret edilmiştir. Yapılan kazılarda  50 civarında küçük tapınak olarak nitelenen kültse yapılar  bulunmuştur ve buralardan elde edilen buluntular bize Çatalhöyük’e ilk gelenlerin sosyal ve ruhani yaşantısı hakkında önemli bilgiler vermiştir. Bu kazılarda zengin duvar resimleri kabartmalar ve nesneler barındıran yapılar ortaya çıkarılmıştır. Bazı duvar resimleri geometrik bezemeleri taşırken bazılarında ise el motifleri, dans eden avcılar, ellerini havaya kaldırmış insanlar, kafası kopuk insan cesetlerine saldıran akbabalar, portre özellikleri taşıyan insan yüzleri ve olasılıkla lav püskürten Hasandağ volkanı önündeki çatal höyük kasabası  yırtıcı kuş ve vahşi hayvanları içeren karmaşık öyküsel sahneler yer alır. Kat kat sürülen sıvanın plastic bir şekilde biçimlendirilmesi ya da oyulmasıyla yapılmış  doğuran Ana Tanrıça, sığır, benekli leopar ve dağ keçisi  gibi kabartmalar  tespit edilmiştir. Eski avcılık  döneminde ortaya çıkan mağara resimlerinin devam niteliğindeki bu yapıtlar sıva üzerine sarı, kırmızı, siyah, yeşil ve beyaz boyalarla yapılmıştır. Yapıların içlerine çeşitli hayvan kemiği parçaları da yerleştirilmiştir. Daha önce inşa edilmiş olan yapıların çoğunda Bukranium olarak adlandırılan  kille sıvanmış boynuzları ile birlikte yabani boğa ,koç ve keçi kafataslarına rastlanmıştır. bu bu kraniumlar, duvarlara platformlarda yer alan dikmelere ya da sekilere yerleştirilmiştir. Evler ve tapınaklarda bulunmuş figürinler eski yapı katlarında daha çok mermer ve kireç taşından, yenilerdeyse çoğu kez boyalı kilden yapılmıştır. Pişmiş topraktan bir figürin grubunda, iki yanında leoparlar bulunan, oturur durumda doğuran Ana Tanrıça; bir başkasında kucağında panter yavruları tutan bir başka Ana Tanrıça;  bir taş kabartmada da kucaklaşan bir tanrı çifti gösterilmiştir. Burada bereketle ilgili görülen kadının doğurganlığı ön plandadır. Yerleşim yerinde karşılaşılan hem yabani hem de evcilleştirilmiş hayvanlara ait kalıntılar Çatalhöyük’ e ilk gelenlerin beraberlerinde evcilleştirilmiş koyun keçi ve köpek getirdiklerine işaret eder. burada yaşayan insanlar yaban sığırı, Equidae ailesinden hayvanları (at, eşek, katır vs.) yaban domuzu ve geyik avlamışlardır. Yerleşke de ayrıca  birçok zanaat işi ve aletler bulunmuştur. Günlük yaşamın sürdüğü demostik alanda küçük figür ürünler, çanak çömlek  parçaları, obsidyen aletler, sepetler, kil toplar, boncuklar ve kemik aletler ortaya çıkarılmıştır. Hatta bazı gömütlerde kumaş parçaları bile bulunmuştur. Kazı çalışmaları ayrıca yerleşimde ölülerin tabanlara ve evlerin içindeki platformların altına gömüldüğünü gösteren 400 gömütü gün ışığına çıkarmıştır.